根管治療で根に溜まっていた細菌を完全に除去することはできますか？

根管治療は非常に難しい治療です。
歯の神経はとても複雑になっており、その神経をすべて取りきるのは不可能と言われております。
そのため、感染してしまった神経が根深い箇所になってしまうと取り除くのは難しいのです。
根管治療に関しては再治療が必要なケースが多い治療です。
虫歯が痛み始める前に治療を行うことで根管治療が必要な場合でも早期だと細菌除去が比較的楽なものになります。

難しい治療方法なんですね・・・
ちなみに、根管治療はどのくらい期間がかかるのでしょうか？

うまくいけば２～４回ほどの治療で終わることもありますが、長い場合だと１年以上かかってしまうこともあります。
虫歯が神経まで達してしまった場合の治療だと早く終わるケースがおおいです。
ですが、一度治療をした根の先に細菌が溜まってしまうと治療に数ヶ月以上かかってしまうケースがあります。
症状により治療期間に大きな差ができてしまうということです。