親知らず歯が最近生えてきて、かなり痛むのですがそもそもどうして痛みが出てきてしまうのでしょうか？

近年では顎が小さい方が増えてきましたが、顎が小さいことによって親知らず歯が生えるスペースが無いため、大臼歯の下に潜り込んでしまうため痛みが出てきてしまうのも原因と言えるでしょう。

では、親知らず歯は抜いたほうがいいのでしょうか？

正しく親知らず歯が生えなかった場合は、スペースが生まれてしまうため、汚れが溜まってしまい、やがて炎症を起こしてしまいます。
炎症が起こってしまっている状態で抜歯してしまうとかえって痛みがひどくなってしまう場合があるので、その場合は抗生剤を投与し最近の繁殖を抑え、痛み止めを服用し痛みを和らげてから抜歯するようですが、1度歯科医院へ行き、患者様の歯、歯茎の状態をお医者様に診て頂くのが良いと思います。